近年、PacBioやNANOPOREというロングリードシーケンサの利用が進む中、研究目的を達成するには、どのようなコンピュータを利用し、どのようなデータ解析を行うべきかが重要課題になってきております。
また、バイオバンクの全国展開が進むにつれて、大量の試料のデータ管理やゲノムリード配列を保存するインフラ、さらには試料を利用したデータ解析環境も課題となってきております。
本セミナーでは、第1部では、NEC社より、バイオバンクをターゲットとした大規模記憶テープデバイス、およびGPUを活用したWhole Genome高速変異解析を実現するためのシステム（NVIDIA社製 GPU搭載コンピュータとバイオ系ソフトParabricks）をご紹介いただき、加えて、NANOPOREのロングリードデータ採取・解析に利用できるGPUコンピュータについてもご紹介いただきます。
第2部では、メイズ社より、ヒト公開ゲノムリード配列をAssembleした結果を用いて、ほぼ染色体レベルのゲノム配列を得ることができる現状をご紹介いただき、利用可能な公開ヒトゲノム配列の現状についてもご報告いただきます。その他、表現型と関係する変異候補を抽出するシステムや、注釈情報の付与などの配列の有効利用方法についても、実施例を使ってご紹介いただきます。
セミナー終了後には、次世代シーケンサのデータ解析に関する相談の時間を設けます。
お気軽にご相談ください (相談をご希望される方は、お問い合わせください。当日も受け付けます)。
日時：2025年 6月9日（月曜日）15時 〜 16時30分 (受付：14時30分 〜 )
場所：南九州先端医療開発センター セミナー室（医歯学研究科棟2、2階）
担当：NEC社 小林さま、メイズ社 湯野川さま
第１部 Nanopore Mk1と最新GPU用バイオ系ソフトを利用可能な小型GPUサーバの紹介
SuperAccuracyリアルタイムデータ採取と、NVIDIA Parabricks実行
（１）ゲノムサイズの大きな両生類のゲノムをロングリードシーケンサでリアルタイムにベースコールした事例
および小型GPUサーバの紹介
（２）Whole Genome解析で活用進むNVIDIA社製 GPU用ソフトウェアParabricksの紹介
（３）その他
− GPUサーバを試用貸与するプログラム（期間限定試用無償貸出、もしくは試用有償貸出）の紹介
− 2024年ノーベル化学賞を獲得したタンパク構造予測ツールの運用代行サービス
第２部 ロングリードシーケンサの現状と取得配列の有効利用について
（１）ヒト公開リード配列を使用した染色体レベルのゲノム配列取得方法とそのコストのご紹介
（２）公開ヒトロングリードのご紹介
（３）取得配列データの有効利用
− ゲノム比較プログラムのご紹介
− 役に立つアノテーション付与とアノテーション検索システムのご紹介
− Local BLASTツール「BLAST works」のご紹介とご試用
セミナーに関する問い合わせ：南九州先端医療開発センター 日野、三井
skc-sec@m.kufm.kagoshima-u.ac.jp (内線 6107)
